Joan Enric Lluna compagina su labor como clarinetista con la dirección de orquesta. En su faceta de director y solista-director, Lluna se ha puesto al frente de orquestas como la Luzerne Festival Strings, Manchester Camerata, la OCV del Palau de les Arts, la Covent Garden Chamber Orchestra, la Kensington Chamber Orchestra de Londres, la Orquesta de Valencia, la Real Filharmona de Galicia o la O. Filarmónica de Málaga. Es el primer clarinete de la Orquesta de la CV, conjunto titular del Palau de les Artes Reina Sofía, y de la Orquesta de Cadaqués, de la que es cofundador. Como primer clarinete invitado, ha actuado con formaciones entre las que se incluyen la London Philarmonic y la Royal Philharmonic Orchestra, la Academy of St. Martin in the Fields y la Chamber Orchestra of Europe. Lluna es el impulsor y director del grupo de cámara Moonwinds, integrado por instrumentos de viento y que reúne intérpretes de primer nivel. Además, desde el año 2009 dirige el Festival Internacional «Residencias de Música de Cámara» de Godella, Valencia.